Saint Aubin Sur Yonne, village rural, est situé à
- 35km d'Auxerre par la RD959 et la N606, ville préfecture de l'Yonne
- 3.5km de Joigny par la RD959, ville historique
- 25km de Sens, Sous-Préfecture, par la RD959, ville connue pour sa cathédrale
- 7km de Saint Julien du Sault, ville médiévale
- 12km de Villeneuve sur Yonne, cité historique
- 150km de Paris par l'A6 ou l'A5 et à 1H30 par le train, de la gare de Joigny arrivée gare de Paris / Bercy
Saint Aubin sur Yonne est entourée des communes du canton de Joigny : Béon, Cézy, Champlay, Chamvres, Joigny, Looze, Paroy-sur-Tholon, Villecien, et Villevalier.