Revenons en arrière, très en arrière, en essayant, compte-tenu du peu de documents, de remonter aux origines de notre village (sources de Madame HOURDEL, Madame BRUN et Madame CANTALOUBE).
Au XIIème siècle....
L'histoire nous dit qu'au XIIème siècle, et ce jusqu'au XVème siècle (date à laquelle Saint Aubin releva du Comté de Joigny), l'Archevêque de Sens donnât à l'Abbaye de Sainte Colombe un château dit "de frileux" construit au bas du pays et qui aurait subsisté jusqu'à La Révolution. Ce dont nous n'avons aucune trace, c'est ce que pouvait être le village avant le XIIème siècle. D'après certains renseignements oraux, au Vème siècle, un monastère placé sous la protection de Saint Aubin, évêque d'Angers aurait existé à l'emplacement de notre église. Il resterait également une grande maison, ancienne école des Soeurs, qui aurait fait partie de l'enceinte de ce monastère et, qui revélerait peut-être dans ses profondeurs un souterrain, mais tout ceci n'est pas prouvé clairement, pas plus que l'existence d'un autre souterrain aux environs de la Maison d'Ecole et de la Mairie, vu la difficulté des travaux à entreprendre.
A l'est....Villiers (maintenant le hameau de Sous-Villier)
A l'est du village, sur la route de Joigny, on sait qu'il y avait un fief dénommé Villiers qui se serait étagé du sommet de la colline à la rivière et qui fût détruit au cours de la guerre de Cent Ans. On a exhumé au début du siècle des pans de mur, voir un cimetière. Villiers aurait été le fief le plus important du village qui en comptait trois, dont La Tuilerie, notre hameau situé à trois kilomètres du village au Nord, sur la hauteur qui était plus important que de nos jours.
Le Hameau de la Tuilerie
Il a possédé un château style Renaissance avec fermes et communs, édifié au début du XIVème siècle. Incendié en 1934, il n'en reste aujourd'hui que 5 maisons anciennes, les ruines d'un pavillon de chasse et depuis, des maisons neuves ont été construites. Enfin, le fief de la Pierre dont il ne nous reste aucun témoignage, si ce n'est un lieu-dit où subsiste un aérolite (objet solide) qui semblerait justifier l'appellation, peut-être n'y avait-il qu'un fief unique ? c'est-à-dire un château ou une forteresse appartenant à un homme portant épée et ayant droit de regard sur les environs.
Néanmoins, il existe toujours sur le versant ouest à nord-ouest un chemin appelé "guette-bateaux" dominant la rivière d'où les guetteurs voyaient arriver les bateaux convoyeurs et prélevaient les taxes et péages. Ainsi naquit Saint Aubin...
Au XVème siècle, le village de Villiers fût ravagé par la guerre et ses habitants se regroupèrent près de leur monastère où se bâtit peu à peu le village de Saint Aubin. Notre église serait donc édifiée sur l'emplacement même de la chapelle du monastère.
On sait également par document, qu'au XVIIème siècle, les Saint Aubinois étaient dans une cruelle pauvreté, un extrait des doléances présenté aux Etats Généraux du baillage de Troyes en date du 1er août 1614 par le Prêtre de Saint Aubin, demandait une décharge des 2/3 des impôts que supportaient les misérables paysans réduits à vendre leur pauvre avoir pour payer les tailles (impôts). De plus, la rivière inondait souvent les cultures et les gelées ruinaient la récolte du peu de vigne. Malgré cela , les habitants semblaient garder un esprit de bon sens et d'à-propos, baptisant les lieux de "Chante-Merle" Sèche-Bouteille, Moque-Brebis, Halliers et eaux Bues (non pas obus)".
Pour la petite anecdote... Sous Louis XII, l'hiver fut si long (de novembre à février) et il a gelé si fort, que l'Yonne, dont le cours suivait celui du Vrin actuel, dût, à cause de la glace, dévier son cours dans une direction qui est celle que nous connaissons aujourd'hui laissant le port de Cézy, alors prospère, abandonné.
Ensuite, on signale, sous Louis XIV, le tracé d'une route dite "Chemin du Roi" allant de Joigny à la sortie de Villevallier à l'emplacement du canal. En 1812, il y aurait eu le passage de cosaques et Napoléon en 1814 revenant de l'Ile d'Elbe serait passé dans Saint Aubin. On parle aussi d'une girafe, animal encore jamais vu, traversant le village vers la même époque.